Als je vanaf de dijk, tussen Schaphalsterzijl en Schouwerzijl, richting Groot Maarslag kijkt, ontwaar je achter de huizen een spitse torenpunt. Het lijkt wel alsof iemand in Schouwerzijl een kerk in zijn achtertuin heeft staan. Het is bij nadere beschouwing een houten kerkje. In Schouwerzijl staat ook een stenen kerk uit 1902 die ooit eigendom was van de Christelijke Gereformeerde Gemeente van het dorp. Tot dit een zelfstandige kerkelijke gemeente werd, was deze kerk verbonden aan de Gereformeerde kerk van Winsum. Tot de Schouwerzijlster Gereformeerde gemeente zelfstandig werd, liepen dominees van hun hoofdvestiging in Winsum over het modderige en slecht begaanbare pad naar Schouwerzijl. Het was een bloeiende gemeenschap die na de bouw van een eigen kerk in 1906 ook een eigen “School met den Bijbel” stichtte. Het gevolg was echter dat de openbare school moest sluiten.
Midden in de Tweede Wereldoorlog vond de zogenaamde vrijmaking plaats. In de gereformeerde kerken discussieerde men heftig over de rol van de synode en de betekenis van de doop. Dit leidde uiteindelijk in 1944 tot een kerkscheuring. De toenmalige Schouwerzijlster dominee Janssens ging met de zogenaamde vrijgemaakten mee. Ook voor de kerkgemeenschap van Schouwerzijl had dat grote gevolgen. Hij en een groot deel van de kerkenraad met nog eens 300 van de 440 leden verlieten de Gereformeerde Kerken in Nederland. De vrijmaking had ingrijpende gevolgen voor het eigendom van de stenen kerk van Schouwerzijl. Uiteindelijk bepaalde in 1948 een rechter dat het oude stenen kerkgebouw toebehoorde aan de meerderheid van de kerk, in dit geval de vrijgemaakten. Er werd door de kleine achtergebleven leden van de Gereformeerde gemeente besloten een nieuwe kerk te gaan bouwen. Daarmee was niet de gehele kerkenraad het eens, twee ouderlingen traden zelfs af. In de achtertuin van Zijlvestweg 5 werd ruimte gevonden om een houten Noors/Zweeds kerkje te bouwen. Dat verliep echter niet zonder slag of stoot. Direct nadat de fundamenten er lagen, ging de aannemer failliet en verloor de gemeenschap een deel van de reeds gedane aanbetalingen. Dankzij giften en steun van de Gereformeerde Kerken werd in 1949 het kerkje toch afgebouwd. Het gebouwtje was gemaakt met dubbelwandig hout, zwart geteerd en met een houten vloer. Om de kerkzang te begeleiden, kwam er een elektronisch orgel. Na 1963 was het moeilijk om de kerkdiensten nog invulling te geven. Samenwerking met naburige kerkgemeenten liep op niets uit. Pas in 1978 kwam het tot een goede samenwerking met Eenrum en werd het houten kerkje van Schouwerzijl overbodig en verkocht.
